某市环保局于1994年同意某实业公司在某市的A地投资兴建生猪养殖场，但规定某实业公司的整个环保工程峻工后，必须报某市环保局派员检查核准才能试产。某实业公司根据某市环保局的批复及市有关部门的批准，于1995年下半年开始兴建养猪场。1998年8月13日，某实业公司在防治污染设施未建成投入使用、防污设施未经东莞市环保局验收合格的情况下开始购入种猪进行繁殖，并逐渐扩大养猪规模。而在此期间。某实业公司一直未完成防污工程，未申请验收防污设施。2000年8月，某市环保局单位的执法人员蔡某某、陈某某、吴某某到某实业公司的养猪场进行现场检查，发现某实业公司的上述行为。某市环保局在对上诉人依法履行了处罚告知程序后，按某实业公司的申请，于2000年9月举行了听证会。听证会主持人是某市环保局单位的副局长朱某，某实业公司未申请主持人回避。调查人员是蔡某某，陈某某是参加人。某市环保局于同年9月某市环保局违反《中华人民共和国环境保护法》第二十六条的规定，并根据该法第三十六条的规定，对某实业公司作出了处以5万元罚款和责令上诉人停止养猪、停止引进新猪苗、两个月内将现在存栏猪处理完毕的处罚决定。某实业公司不服该处罚决定，遂起诉至某市中级人民法院。
一审法院认为，原告在养猪场的防治污染设施未建成投入使用、未经被告某市环保局验收合格的情况下，进行大规模的养猪，违反了《环境保护法》第二十六条第一款“建设项目中防治污染的设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用”即“三同时”制度的规定。根据被告的行政处罚决定书及答辩意见，被告处罚原告的事实与理由是原告违反了“三同时”制度。故被告处罚原告的事实清楚，证据确凿。原告养猪场的防治污染的设施尚未建成，主体工程即投产使用，根据《环境保护法》第三十六条规定，对建设项目的防治污染设施没有建成就投入生产或者使用的。处罚的形式是且只能是责令停止生产或使用，另外还可以并处罚款。被告在作出处罚之前经过了检查、告知、听证的程序。因此，被告作出的行政处罚决定，事实清楚，证据确实、充分，适用法律基本正确，程序合法，处理结果正确，应予维持。原告称被告在听证会上未将水质检验报告出示质证，不能作为证据使用，但这对被告作出行政处罚的正确性没有影响。原告称其违反“三同时”制度是客观上受资金的影响而不是其故意的，被告没有及时批复原告的有关污水处理的报告，被告明知原告违反“三同时”却不帮原告整改，因而被告对原告违反“三同时”制度负有不可推卸的责任等理由不是原告违反“三同时”制度的法定构成要素，也不是被告处罚原告的事实与理由，对被告作出的行政处罚的正确性没有影响，故没有必要予以查证和考虑。原告称朱某是本案调查取证人又是主持人，陈某不是调查人却以调查人的身份发言等，经查《某市环境保护执法检查笔录》，检查人没有朱某，听证会上陈某是以参加人的身份参加的，陈某的发言并未妨碍到原告的申辩权，原告在听证会上也作了充分的申辩，因此对原告的上述意见不予采纳。经查，根据原告提供的由被告作出的《关于某实业公司环保申请的批复》，原告所建的污染防治设施，实际上是污水处理即防治水污染的设施。《水污染防治法》第十三条第三款正是关于防治水污染的设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用的规定，因此原告的行为也同时违反了该法，可以适用该法。该法第四十七条还规定了违反上述规定的法律责任，被告据此适用《水污染防治法实施细则》确定对原告罚款5万元是正确的，故对原告这一观点也不予采纳。另，原告请求法院确认其行政违法情节显著轻微，判决不予行政处罚。经查，原告在防污设施未完工的情况下擅自开始养猪，时间长达两年之久，其间一直未完成防污设施，且所养猪达2000多头，污水超标，因此法院认为原告此请求理据不足，予以驳回。依法维持被告某市环保局作出的行政处罚决定，驳回某实业公司的诉讼请求。
